את ספר זמנים קובע הרמב"ם לאחר ספר אהבה, מחמת הניגוד שביניהם:

בספר אהבה מצויות המצוות התדירות, שמטרתן אהבת ה' וזכירתו בכל עת:

ספר שני, אכלול בו המצוות שהן תדירות, שנצטווינו בהם כדי לאהוב את המקום ולזוכרו תמיד. (הקדמה למשנה תורה)

בספר זמנים מצויות המצוות הנוהגות בזמנים מסוימים בלבד:

ספר שלישי, אכלול בו המצוות שהם בזמנים ידועים, כגון שבת ומועדים.

מבנהו של ספר זמנים מושתת על מבנה סדר מועד, ורוב קובצי ההלכות שבו מקבילים למסכתות סדר מועד.

עם זאת, קיימים שני הבדלים משמעותיים בין סדר מועד לספר זמנים:

1.ספר זמנים מחולק לשתי חטיבות:

א.מצוות השביתה – הלכות שבת, עירובין, שביתת עשור ושביתת יום טוב.

ב.מצוות המועדים – הלכות חמץ ומצה, שופר וסוכה ולולב, שקלים, קידוש החודש, תעניות ומגילה וחנוכה.

חלוקה זו אינה קיימת בסדר מועד.

2.סדר מועד כולל הן את דיני המועדים הנוהגים בזמן הזה והן את הדינים התלויים במקדש בלבד: קרבן פסח (פרקים ה-ט במסכת פסחים), עבודת יום הכיפורים (פרקים א-ז במסכת יומא), שקלים וחגיגה.

לעומת זאת, הרמב"ם בספר זמנים אינו מביא את דיני המועדים התלויים במקדש, אלא קובע אותם יחד עם דיני עבודת המקדש – בספר עבודה ובספר קרבנות. לפיכך מפצל הרמב"ם את מסכת פסחים לשני קובצי הלכות: הלכות חמץ ומצה והלכות קרבן פסח, ובדומה לכך מפצל את מסכת יומא לשני קובצי הלכות: הלכות שביתת עשור והלכות עבודת יום הכיפורים.

על פי זה, קביעת הלכות שקלים בספר זמנים אומרת דרשני, ויש ללמוד ממנה על הבנתו הייחודית בטיבה של מצוות מחצית השקל: אף שהמצווה נוהגת רק בזמן המקדש, עניינה הוא עצם נתינת התרומה לה' מדי שנה.

בראש כל אחד מספרי הי"ד החזקה קבע הרמב"ם פסוק המתאים לתוכנו של הספר.

בראש ספר זמנים קבע הרמב"ם את הפסוק (תהלים קיט, קיא):

"נָחַלְתִּי עֵדְוֹתֶיךָ לְעוֹלָם, כִּי שְׂשׂוֹן לִבִּי הֵמָּה" –

שכן פסוק זה מבטא את שני יסודות השבתות והמועדדים:

א."עֵדְוֹתֶיךָ" – השבתות והמועדים הם עדות על יסודות האמונה.

ב."שְׂשׂוֹן לִבִּי" – השבתות והמועדים הם ימי מנוחה ושמחה הדרושים לתיקון הגוף ולהסדרת חיי החברה.

במורה הנבוכים (מורה הנבוכים ב, לא; ג, לה; ג, מג) מרחיב הרמב"ם בשני יסודות אלו, ולדעתו השבתות והמועדים מבטאים את מגמתה הכפולה של התורה: "תיקון הנפש ותיקון הגוף" (מורה הנבוכים ג, כז) – הקניית דעות נכונות והסדרת חיי החברה.

מגמת המועדים ב"תיקון הנפש ותיקון הגוף" עולה גם מן ה"מסגרת" שקבע הרמב"ם לספר זמנים:

בתחילת הלכות שבת (פרק ב) עוסק הרמב"ם בחובה לחלל שבת לצורך פיקוח נפש, והוא מדגיש (שם, ג) את העיקרון היסודי הנלמד מכך:

הא למדת שאין משפטי התורה נקמה בעולם, אלא רחמים וחסד ושלום בעולם.

בעיקרון זה חותם הרמב"ם את ספר זמנים (מגילה וחנוכהד, יב):

היה לפניו נר ביתו ונר חנוכה, או נר ביתו וקידוש היום – נר ביתו קודם משום שלום ביתו, שהרי השם נמחק לעשות שלום בין איש לאשתו. גדול השלום, שכל התורה ניתנה לעשות שלום בעולם, שנאמר: 'דרכיה דרכי נעם וכל נתיבותיה שלום'.